Το Παγκύπριο Συνέδριο είναι το κυρίαρχο Σώμα της Ομοσπονδίας. Το Συνέδριο συγκροτείται απο αντιπροσώπους όλων των Σωματείων /Συντεχνιών και απο τα μέλη του απερχόμενου Γενικού Συμβουλίου της Ομοσπονδίας. Συνέρχεται τακτικά κάθε τέσσερα χρόνια σε ημερομηνία και τόπο που ορίζει το Γενικό Συμβούλιο.

Οι Σύνεδροι εξετάζουν και παίρνουν θέση πάνω στην Έκθεση Δράσης του Γενικού Συμβουλίου, των ετήσιων εξελεγμένων λογαριασμών, της έκθεσης των ελεγκτών και παίρνουν αποφάσεις πάνω σε οποιοδήποτε ζήτημα γενικής φύσης.

Πέραν των πιο πάνω οι αρμοδιότητες του Παγκύπριου Συνεδρίου είναι η λήψη αποφάσεων σε οποιοδήποτε ζήτημα της Ημερήσιας Διάταξης, η τροποποίηση του Καταστατικού, η επικυρώση των μελών του Γενικού Συμβουλίου και η εκλογή των μελών της Γενικής Γραμματείας.